Στο Μουσικό Γυμνάσιο και Λύκειο Παλλήνης διδάσκονται μουσικά όργανα ως ατομικό μάθημα. Δύο ως τέσσερις ώρες αφιερώνονται σε εκμάθηση μουσικών οργάνων ανάλογα με την τάξη. Τα διδασκόμενα μουσικά όργανα είναι πιάνο, ταμπουράς και ευρωπαϊκό ή παραδοσιακό όργανο που επιλέγει ο μαθητής.
Οι μαθητές επιλέγουν το μουσικό όργανο που επιθυμούν, δηλαδή ένα ευρωπαϊκό ή παραδοσιακό όργανο επιλογής, ενώ παράλληλα διδάσκονται πιάνο ως όργανο αναφοράς της ευρωπαϊκής μουσικής και ταμπουρά ως όργανο αναφοράς της παραδοσιακής μουσικής.
Στο σχολείο διδάσκονται τα μουσικά όργανα :